新生儿惊厥的治疗首先是治疗原发病，然后是治疗惊厥。除非是表现为睡眠呼吸暂停的惊厥，否则惊厥期间一般不需要停止痉挛，因为一般都是紧张的，很少会对新生儿的生命造成严重伤害。
若出现低血糖，应静脉给予10%葡萄糖液2ml/kg；若出现低钙血症，应给予10%钙剂2ml/kg（含18mg/kg）（注：补钙速度不宜超过50mg/min，同时持续监测心血管），防止外渗。毛细血管，因为它会引起皮肤糜烂。若出现低镁血症，给予50%甘露醇0.2ml/kg肌肉注射。使用抗生素治疗新生儿惊厥和感染。
在确定新生儿惊厥的原因并开始检查后，应立即治疗惊厥本身。使用苯巴比妥，静脉输注负荷20 mg/kg。若惊厥未停止，可每15分钟给予5mg/kg，直至惊厥停止，或最大剂量40mg/kg，12小时后逐渐维持治疗。剂量从3-4mg/(kg.d)开始，根据临床医学反应和血清蛋白浓度可增加至5mg/(kg.d)。苯巴比妥必须静脉注射，尤其是持续或长时间发生惊厥时。抽搐控制后，可口服苯巴比妥。苯巴比妥的有效治疗浓度为15-40g/ml（65-170mol）。 /L）。
如果需要第二种药物，可以使用苯妥英，负荷量为20 mg/kg。对于新生婴儿，只有静脉输液才是合理的。缓慢静脉滴注应分2次（10mg/kg），以免出现低血压和心跳混乱。新生儿苯妥英中毒的临床症状很难发现。持续高浓度是有害的。如果可以测量血药浓度，危险因素就会降低。维持剂量逐渐从5mg/(kg.d)开始，分2次应用，并根据新生儿惊厥的临床表现和血药浓度调整苯妥英的有效治疗血药浓度至1020g/日。毫升（40-80mol/L）。
婴儿服用抗新生儿惊厥药物时应严密观察。过多的药物会导致呼吸抑制，而呼吸停止会比抽搐本身更危险。必须持续抗惊厥治疗，直至惊厥得到控制并降低随后发生惊厥的风险。